设立明显标志。标志式样由国务院水行政主管部门统一制定，并负责监制。
第九条 水功能区的管理应执行水功能区划确定的保护目标。
保护区禁止进行不利于功能保护的活动，同时应遵守现行法律法规的规定。
保留区作为今后开发利用预留的水域，原则上应维持现状。
在缓冲区内进行对水资源的质和量有较大影响的活动，必须按有关规定，经有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构批准。
开发利用活动，不得影响开发利用区及相邻水功能区的使用功能。具体水质目标按水功能二级区划分类分别执行相应的水质标准。
第十条 国务院水行政主管部门定期对水功能区的水资源开发利用状况、水资源保护情况进行检查和考核，并公布结果。
第十一条 县级以上地方人民政府水行政主管部门或流域管理机构应当按照水功能区对水质的要求和水体的自然净化能力，审核该水域的纳污能力，向环境保护行政主管部门提出该水域的限制排污总量意见，同时抄报同级人民政府和上级水行政主管部门。
经审定的水域纳污能力和限制排污总量意见是县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构对水资源保护实施监督管理以及协同环境保护行政主管部门对水污染防治实施监督管理的基本依据。
第十二条 县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应组织对水功能区的水量、水质状况进行统一监测，建立水功能区管理信息系统，并定期公布水功能区质量状况。发现重点污染物排放总量超过控制指标的，或者水功能区水质未达到要求的，应当及时报告有关人民政府采取治理措施，并向环境保护行政主管部门通报。
第十三条 新建、改建、扩建的建设项目，进行可能对水功能区有影响的取水、河道管理范围内建设等活动的，建设单位在向有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构提交的水资源论证报告书或申请文件中，应分析建设项目施工和运行期间对水功能区水质、水量的影响。
第十四条 县级以上地方人民政府水行政主管部门或流域管理机构应对水功能区内已经设置的入河排污口情况进行调查。入河排污口设置单位，应向有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构登记。水行政主管部门或流域管理机构应按照水功能区保护目标和水资源保护规划要求，编制入河排污口整治规划，并组织实施。
新建、改建或者扩大入河排污口的，排污口设置单位应征得有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构同意。
第十五条 县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应当按照有关规定对进行取水、河道管理范围内建设、以及新建、改建或者扩大入河排污口的单位进行现场检查。被检查单位应当如实反映情况，并提供必要的资料。检查机关有责任为被检查单位保守技术秘密和业务秘密。
第十六条 县级以上地方人民政府水行政主管部门或流域管理机构的工作人员在水功能区管理工作中玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊的，由其所在单位或者上级机关给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第十七条 各省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门和流域管理机构，可以根据本办法的规定，结合本地区或本流域的实际情况，制定具体实施细则。
第十八条 本办法由国务院水行政主管部门负责解释。
第十九条 本办法自2003年7月1日起施行。
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